Como destino de peregrinaje muy popular durante siglos, Koyasan ha estado conectado al mundo exterior por una red de senderos de peregrinaje. Mientras que la mayoría de visitantes entran a la montaña por teleférico, muchos de estos senderos todavía existen y siguen siendo usados por senderistas que prefieren llegar a sus templos por la vía tradicional.
El camino principal para llegar a Koyasan es el sendero Koyasan Choishi Michi, el cual empieza en la Estación de Kudoyama en la línea Nankai Koya. Este sendero está marcado por señales de piedra (choishi) que se pueden encontrar cada pocos cientos de metros a lo largo del sendero para que los peregrinos encuentren su camino. Estas señales están marcadas por números (en japonés) en número descendente, siendo Koyasan el número uno y están formados para representar los cinco símbolos budistas: agua, fuego, tierra, vacío y aire.
El sendero de Choishi Michi tiene un recorrido de 23,5 kilómetros y se tarda unas siete horas en completarlo. Sin embargo, el viaje se puede acortar dos horas y cuatro horas respectivamente si se empieza por los senderos alternativos en las estaciónes de Kami-Kosawa y Kii-Hosokawa. El sendero termina en la Puerta Daimon, de dos pisos de altura, una puerta roja que marca la entrada tradicional a Koyasan.
Para una llegada menos histórica el sendero Fudozaka llega hasta Koyasan desde la Estación Gokurakubashi, la estación inferior del teleférico de Koyasan. Este camino empinado y pavimentado tiene 2,5 kilómetros de distancia y se tarda aproximadamente una hora en completarlo y mucho menos tiempo en descender. Este sendero termina en Fudozaka-guchi Nyonindo (女人堂, Nyonin-dō).
El Fudozka-guchi Nyonindo es el único superviviente de un total de siete Nyonindo (“salas para mujeres”) construido alrededor de Koyasan. Estas salas solían proveer a los visitantes femeninos, las cuales no dejaban entrar a la villa antes de 1872. El sendero llamado “Women Pilgrims Course”, recorre el perímetro alrededor de Koyasan desde Fudozaka-guchi Nyonindo pasando por las ruinas de los otros Nyonindo hasta la entrada del Templo Okunoin. Se tardan dos horas y media en recorrer los siete kilómetros de este sendero.
Para un sendero de peregrinaje más desafiante está el sendero Kohechi, que forma parte de la red de senderos Kumano Kodo, el cual conecta Koyasan con los santuarios sagrados de Kumano.